Cheminformatika
Cheminformatika (dar vadinama chemoinformatika ir chemine informatika) - tai didelių cheminės informacijos kiekių tyrimas. Ji dažniausiai atliekama kompiuterių pagalba. Šiomis priemonėmis naudojasi farmacijos bendrovės, norėdamos atrasti naujus vaistus.
Cheminformatikoje kompiuterių mokslas ir informacinės technologijos naudojamos chemijos problemoms spręsti. Cheminformatikoje nagrinėjami algoritmai, duomenų bazės ir informacinės sistemos, žiniatinklio technologijos, dirbtinis intelektas ir minkštieji skaičiavimai, informacijos ir skaičiavimo teorija, programinės įrangos inžinerija, duomenų gavyba, vaizdų apdorojimas, modeliavimas ir imitavimas, signalų apdorojimas, diskrečioji matematika, valdymo ir sistemų teorija, grandinių teorija ir statistika, siekiant gauti naujų žinių apie chemiją.
Istorija
Chemoinformatikos terminą 1998 m. apibrėžė F. K. Brownas:
Pagrindai
Cheminformatika sujungia chemijos ir informatikos mokslo sritis. Cheminformatiką taip pat galima taikyti popieriaus, celiuliozės ir dažų pramonės duomenų analizei.
Naudoja
Saugojimas ir paieška
Pagrindinis cheminformatikos taikymo būdas - informacijos apie junginius saugojimas. Efektyvi tokios saugomos informacijos paieška apima temas, kurios nagrinėjamos informatikos moksle kaip duomenų gavyba ir mašininis mokymasis.
Failų formatai
Kompiuteriuose cheminės struktūros pateikiamos specializuotais formatais, pavyzdžiui, XML pagrįsta cheminių medžiagų žymėjimo kalba arba SMILES. Vieni formatai tinka vizualiam 2 arba 3 matmenų vaizdavimui, kiti labiau tinka fizikinėms sąveikoms tirti, modeliavimui ir dockingo tyrimams.
Virtualios bibliotekos
Cheminiai duomenys gali būti susiję su realiomis arba virtualiomis molekulėmis. Virtualūs junginiai gali būti naudojami cheminei erdvei tyrinėti ir naujiems norimų savybių junginiams prognozuoti.
Neseniai buvo sukurtos virtualios junginių klasių (vaistai, natūralūs produktai, į įvairovę orientuoti sintetiniai produktai) virtualios bibliotekos naudojant FOG (fragmentų optimizuotas augimas) algoritmą.
Virtuali atranka
Vietoj to, kad būtų bandomos tikros cheminės medžiagos, virtualioji atranka apima junginių atranką kompiuteriu, siekiant nustatyti junginius, kurie gali pasižymėti pageidaujamomis savybėmis, pvz., biologiniu aktyvumu tam tikram taikiniui.
Kiekybinis struktūros ir aktyvumo ryšys (QSAR)
Taip siekiama numatyti junginių aktyvumą pagal jų struktūras. Šie tyrimai susieja cheminofarmatiką su chemometrija. Taip pat svarbios ir cheminių ekspertinių tyrimų sistemos. Jos atspindi dalį chemijos žinių kompiuteriuose.
Klausimai ir atsakymai
K: Kas yra chemoinformatika?
A: Chemoinformatika - tai didelių cheminės informacijos kiekių tyrimas naudojant kompiuterius.
K: Kokios priemonės pirmiausia naudojamos chemoinformatikoje?
A: Chemoinformatikoje daugiausia naudojami kompiuteriai.
K: Kodėl chemoinformatika yra svarbi?
A: Chemoinformatika yra svarbi, nes ją naudoja farmacijos bendrovės, norėdamos atrasti naujus vaistus ir padėti spręsti chemijos problemas.
K: Ką nagrinėja chemoinformatika?
A.: Chemoinformatika nagrinėja algoritmus, duomenų bazes ir informacines sistemas, žiniatinklio technologijas, dirbtinį intelektą ir minkštąją kompiuteriją, informacijos ir skaičiavimo teoriją, programinės įrangos inžineriją, duomenų gavybą, vaizdų apdorojimą, modeliavimą ir imitavimą, signalų apdorojimą, diskrečiąją matematiką, valdymo ir sistemų teoriją, grandinių teoriją ir statistiką.
Klausimas: Kaip chemoinformatika kuria naujas chemijos žinias?
A: Chemoinformatika kuria naujas chemijos žinias, naudodama informatiką ir informacines technologijas cheminiams duomenims analizuoti ir su chemija susijusioms problemoms spręsti.
K: Kas yra cheminformatika?
A: Cheminformatika yra kitas chemoinformatikos pavadinimas.
K: Kaip chemoinformatika naudojama naujiems vaistams atrasti?
A: Cheminformatiką naudoja farmacijos bendrovės, analizuodamos didelius cheminių duomenų kiekius ir nustatydamos dėsningumus, kuriuos galima panaudoti kuriant naujus vaistus.
