2001-2008 m. "Bionicle" siužetinės linijos veiksmas vyko mokslinės fantastikos pasaulyje, kuriame gyvena iš dalies organinės, iš dalies mašininės būtybės, gyvenančios požeminiame pasaulyje, kuris egzistuoja milžiniškuose požeminiuose kupoluose. Šį pasaulį (pavadintą "Matoranų visata") ir jo rases kadaise saugojo Didžioji dvasia, vardu Mata Nui, kol piktasis Makuta Teridaxas ir Makutos brolija jo neišvarė į amžinąjį miegą. Matoranų pasaulis ėmė griūti. Tačiau gyvybės kaukė, kuri buvo saugoma Mata Nui viduje, buvo išsiųsta į kosmosą ieškoti naujos planetos. Kaukė nusileido Bara Magna planetoje ir kaukė sukūrė mažą kūną.
2009 m. prasidėjo visiškai nauja siužetinė linija, kurioje, palikus ankstesnius metus, Mata Nui, išvarytas Makutos Teridaxo, iškrenta į paslaptingą negyvenamą planetą, vadinamą Bara Magna. Čia jis tampa istorijos centru ir susiranda naujų sąjungininkų, bandydamas rasti būdą, kaip išgelbėti Matoran ir Toa nuo tironiško Makutos Teridaxo valdymo.
2001 m. - Kaukės ieškojimas
Istorija prasideda nuo šešių Toa Matų: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu ir Onua atvyksta į salą, vadinamą Mata Nui sala, ir neatsimena nieko, išskyrus savo vardus. Jie sužinojo, kad gyventojai, Matoranų kaimų gyventojai, patiria nuolatines užkrėstų Rahi, laukinių žvėrių, valdomų galingos Makutos Teridakso įtakos naudojant užkrėstų Kanohi kaukes, atakas, sukėlusias apie 1000 metų trukusį karą. Ieškoję ir radę daugybę Kanohi kaukių, Toa gauna po auksinę Kanohi kaukę, turinčią didžiulę galią, ir ieško paties Makutos. Metę iššūkį žiauriems Manas krabams ir Šešėlių Toa (blogio antrininkus primenančios iliuzinės Toa kopijos ), Toa susiduria su Makuta ir, suvieniję savo stichines galias, jį nugali.
2002 m. - Bohroko rojai
Jam pralaimėjus, Makuta išlaisvino senovinį Bohroką. Bohrokas - tai robotai dronai, sukurti "išvalyti" Mata Nui salą iki "ankstesnių laikų". Bohrokai ėmė plėšti salos kaimus, priversdami matoranus bėgti. Vienas išradingas Žemės Matoranas, Nuparu, sukonstruoja galingą transporto priemonę, vadinamą Boksoru, pagamintą iš sugadinto Bohroko dalių, kad galėtų kovoti su rojais. Toa, nežinodami Bohroko paskirties, surinko Bohroko kranus (kaukes primenančias būtybes, kurios veikia kaip jų smegenys), kad susigrumtų su Bohroko karalienėmis Bahrag: Kahdokas ir Gahdokas. Nugalėti Kahdokas ir Gahdokas uždaromi Toa stichinių galių sukurtame kalėjime. Tuomet Toa Mata paveikiami medžiaga, vadinama energizuotu protodermiu, kuri juos transformuoja, suteikdama naujus šarvus ir ginklus. Jie pervadinami į Toa Nuva.
2003 m. - Bohroko-Kalo streikas ir šviesos kaukė
Nugalėjus Kahdoką ir Gahdoką, Bohrokų rojai sustabdomi ir sugrąžinami į savo avilius. Tačiau atsirado šeši nauji elitiniai Bohrokai, vadinami Bohrok-Kal, kurių tikslas - išlaisvinti Bahragą. Tuomet jie ėmė vogti Toa Nuva galias, kurios yra raktas į antspaudo sulaužymą. Atsidūrę ties pralaimėjimo riba, Toa priverčia visas savo galias sutelkti į Bohrok-Kal, perkrauna juos ir nugali.
Netrukus po to du matoranai, Takua ir Džaleris, atrado Kanohi šviesos kaukę. Jiems buvo pavesta keliauti po Mata Nui salą ir surasti Šviesos Toa. Tuo tarpu Makuta sukūrė ir išsiuntė šešias būtybes, vadinamas Rahkshi, kad jos surastų kaukę ir sustabdytų Šviesos Toa atėjimą. Rahkshi perskrodė Mata Nui ir sunaikino Ta-Koro ir Onu-Koro kaimus. Toa sustabdė Rahkshi, bet tik tada, kai nužudė Džalerį. Dėl Džallerio mirties Takua suprato, kad jis yra Šviesos Toa, ir užsidėjęs kaukę tapo Toa Takanuva. Takanuva nuėjo pasipriešinti Makutai ir per jų mūšį abu pateko į įelektrinto protodermio, sidabrinės medžiagos, turinčios galią pakeisti arba sunaikinti būtybę, baseiną ir susiliejo į būtybę Takanuvą. Tada Takutanuva atidarė Metru Nui miesto duris ir įleido Matoran ir Toa. Panaudojęs dalį savo gyvybinės energijos, jis atgaivino Džalerą, vis dar laikydamas atidarytas duris. Tačiau energijos panaudojimas buvo per didelis, ir Takutanuva buvo prispaustas durų, kurios, regis, pražudė ir Takutanuvą, ir Teridaksą, palikdamos tik Takutanuvos Šviesos kaukę. Takanuva buvo greitai atgaivintas, kai jo kaukė buvo panaudota švyturiui į Metru Nui aktyvuoti. Po to Matoranai pasiruošė grįžti į Metru Nui salos miestą.
2004 m. - "Legendos apie Metru Nui
Matoranams ruošiantis keliauti į Metru Nui, Turaga (kaimo vyresnieji) atskleidė, kad kadaise jie buvo Toa ir Metru Nui kovojo su tokiomis grėsmėmis kaip Morbuzakh augalinė būtybė ir Dume valdomi Vahki teisėsaugos būriai. Juos, kaip Matoran, į Toa Metru pavertė Toa akmenys, kuriuose buvo Toa Lhikano paaukotos galios. Jų misija buvo surasti šešis Didžiuosius diskus ir nugalėti Morbuzakh - augalinę grėsmę, kuri grasino sunaikinti miestą. Tačiau kai jie tai padarė, juos išdavė Dume, miesto Turaga. Vėliau jie išsiaiškino, kad Makuta Teridaxas persirengė Dume ir perėmė Vahkų (teisėsaugos robotų) kontrolę. Jo planas buvo užmigdyti Matoranus, ištrinti jų atmintį ir vėl juos pažadinti "kaip jų užkariautoją". Toa pabėgo, bet juos užpuolė Teridaxas. Suvieniję savo gaivališkas galias, jie sugebėjo Teridaksą uždaryti kristalizuoto protodermio kalėjime. Toa iškeliavo į naują salą, kuri vėliau buvo pavadinta Mata Nui, ir prisiekė sugrįžti, kad išgelbėtų Matoranus.
2005 m. - Šešėlių tinklas
Jie grįžta. Tačiau saloje viešpatauja piktasis karalius Sidorakas ir jo vietininkas Roodaka, o saloje gyvena į piktus vorus panašūs padarai, vadinami Visorakais. Netrukus Toa buvo sugauti ir mutavę į žvėriškus Toa Hordika. Norėdami sugrįžti į normalią būseną, Toa ieškojo legendinio Rahi Keetongu. Tačiau Toa Vakama išdavė kitus Toa ir prisijungė prie Sidorako, kuris jį padarė Visorakų vadu. Kiti Toa didžiajame mūšyje susidūrė su Visorakų ordomis ir įtikino Vakamą vėl prie jų prisijungti. Tuomet Vakama įsakė Visorakams būti laisviems. Tada Keetongu nužudė Sidoraką, kurį išdavė Roodaka ir Vakama. Tada šeši Toa nugalėjo Rodaką naudodami visas šešias savo stichines galias. Tačiau tai turėjo šalutinį poveikį - išlaisvino Makutą, nes Roodaka su savimi turėjo jo kalėjimo fragmentą. Dėl šios priežasties Toa ją sumušė. Atgaivinę Keetongu, Toa Metru nuvedė Matoran į naują salą. Paaukoję savo galią, kad pažadintų Matoran, jie tapo Turaga, o vėliau šioje saloje, vadinamoje Mata Nui, įkūrė naujus kaimus.
2006 m. - Likimo sala
Toa Nuva sužinojo, kad Mata Nui ne tik miega, bet ir miršta. Norėdami jį išgelbėti, jie turi keliauti į Voya Nui salą ir ieškoti paslaptingosios Kanohi Ignikos - Gyvybės kaukės. Toa Nuva leidžiasi į šį nuotykį, tačiau greitai patenka į šešių naujų ir galingų priešų - Pirakų - nelaisvę: Jie yra trys naujos Pirakos: Zaktanas, Hakanas, Vezokas, Thokas, Reidakas ir Avakas. Jie ieškojo kaukės savo tamsiems tikslams. Kai Toa negrįžo, šešių Matoranų grupė nusekė paskui juos. Džaleris, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu ir Matoro pabėgo į salą Toa kanistruose, tačiau jiems keliaujant Raudonosios žvaigždės šviesos žaibai juos pavertė Toa Inika. Atvykę jie sužino apie Piraka ir kaip jie pavergė vietinius Matoran, apsimesdami netikrais Toa, kad priverstų Matoran pastatyti jiems tvirtovę. Padedami nedidelio Matoran pasipriešinimo ir senovinio sargybinio Aksono, Toa Inika sugebėjo išlaisvinti Toa Nuva, surasti Kaukės šventyklą ir kovoti su Piraka bei kitomis ją saugančiomis būtybėmis. Galiausiai jie su Kanohi išėjo nugalėtojais. Tačiau Gyvybės kaukė turėjo savo valią ir paskutinę akimirką išvengė jų visų, nuskubėdama į jūros gelmes.
2007 m. - Tamsos jūra
Po Gyvybės kaukės gaudynių Toa Inika nusileido į vandenis, gavę paslaptingą užuominą "išgelbėti nuskendusį miestą" iš nežinomo Matorano, kuris išgelbėjo Hahlį nuo nuskendimo, bet mirė nuo dekompresinės ligos[14].Gyvybės kaukės energijos pliūpsnis pavertė Toa Inika į vandeniu kvėpuojančias formas. Jie atrado gyvenamą Mahri Nui kaimą, kuris atsiskyrė nuo Voya Nui ir nuskendo prieš tūkstantį metų. Kaimui grėsmę kėlė senovės karvedžiai, vadinami Barraki, kuriuos mutavo netoliese esantys mutageniniai vandenys, vadinami "Duobe". Toa, dabar žinomi kaip Toa Mahri, stojo į kovą su Barraki, kad išliktų. Tačiau kol Toa atgavo kaukę, Didžioji dvasia mirė. Supratęs, kad dar yra vilties, Toa Matoro nuskubėjo į visatos šerdį ir paaukojo savo gyvybę, kad atgaivintų Mata Nui. Paskutinėmis savo gyvenimo akimirkomis Toa Matoro panaudojo Kaukės galią, kad teleportuotų Toa Mahri atgal į Mata Nui ir leistų jiems vėl kvėpuoti oru. Didžiosios Dvasios gyvybė buvo išgelbėta, bet jį vis tiek reikėjo pažadinti.
2008 m. - paskutinis mūšis
Gavę naujus šarvus ir ginklus iš Artakos, Toa Nuva atvyko į Karda Nui, visatos branduolį. Ten jie susidūrė su Makutais, kurie bandė Av-Matoranų - Šviesos Matoranų - populiaciją paversti Šešėlių Matoranais. Toa Nuva padėjo atvykti Takanuva, dabar dėl šešėlių pijokų atakos galintis valdyti Šviesą ir Šešėlius, ir Toa Ignika, kuris yra pati Gyvybės kaukė. Kanohi Ignika pasidarė sau kūną, nes norėjo pamatyti, ką reiškia būti gyva būtybe. Suvieniję jėgas jie pasiekė Karda Nui centre esantį statinį, vadinamą Kodreksu, kur Toa Ignika turėjo paaukoti savo naująjį kūną, kad pažadintų Mata Nui. Takanuva, padedamas likusių nesugadintų Av-Matoranų, grąžino šešėlinius Matoranus į jų ankstesnes būsenas. Netrukus po to Toa pabėgo iš branduolio, kol Mata Nui pabudimo sukelta energijos audra nespėjo jų sunaikinti. Tačiau Makutai nepavyko pabėgti ir jie visi žuvo. Grįžus į Metru Nui, buvo švenčiamas Mata Nui pabudimas, tačiau šventė nutrūko, kai paaiškėjo, kad Teridaxas užvaldė Mata Nui kūną, kuris, kaip paaiškėjo, buvo Matoranų visata. Įkalinęs Mata Nui dvasią Gyvybės kaukėje, jis pasiuntė ją skristi į kosmosą, kad buvusi Didžioji dvasia negalėtų trukdyti jam valdyti visatos.
2009 m. - Atgimusi legenda
"Bionicle" istorija tęsiasi po to, kai Makuta Teridaxas ištrėmė Mata Nui iš jo kūno į planetą, vadinamą Bara Magna. Išskyrus kelias laukinių gyvūnų rūšis, Bara Magna yra nederlinga dykumų planeta, kurioje tėra nedaug išteklių, todėl kiekviena planetos gentis turi po keletą karių, vadinamų Glatorianais, kurie už juos kovoja. Šie ištekliai, pavyzdžiui, maistas ir vanduo, atitinkamai paskirstomi. Šio pasaulio gyventojai vadinami agoriais. Agoriai kartu sudaro šešias skirtingas gentis, kurių kiekviena susijusi su tam tikru regionu. Gyvybės kaukei nusileidus ant Bara Magnos, ji sukuria kūną, kuriuo gali naudotis Mata Nui. Tuomet Mata Nui kartu su keliais Glatorijonais įveikia jungtines Skralių ir Kaulų medžiotojų - dviejų pagrindinių grėsmių kaimams - pajėgas ir ieško būdo sugrįžti į savo kūną. Padedamas naujųjų glatoriečių ir agorių draugų, jis demaskuoja išdaviką, žinomą kaip Metusas, ir nugali Skrall ir Kaulų medžiotojus. Jis padeda pasaulio kaimams susivienyti, paima visas milžiniškas roboto dalis ir sujungia jas į didelį roboto kūno prototipą, kūną, panašų į tą, kuriame gyvena Matoranų visata.
2010 m. - Kelionės pabaiga
Nugalėjęs Skralą ir pamatęs, kad kiti kaimai susivienijo, Mata Nui stoja prieš iššūkį - susigrąžinti savo senąjį kūną iš Teridakso. Jis sužino, kad jį sukūrė Didžiosios būtybės Sferus Magna planetoje, kuri dabar yra padalinta į džiunglių mėnulį (Bota Magna), vandenyno mėnulį (Aqua Magna) ir likusią dykumos planetą (Bara Magna), kaip Pagrindų karo rezultatas. Mata Nui taip pat sužino, kad prieš jį sukuriant buvo ankstesnis robotas, kurį Agoriai naudoja kaip savo namus. Agoris iš Tesaros, vardu Tardukas, padeda Matai Nui, parodydamas jam senovinį energijos šaltinį, galintį įjungti senąjį robotą.
Šioje paskutinėje kelionėje du didvyriai grįžta užbaigti kovos: Tahu, sugrįžęs į savo pirminį pavidalą ir dėvintis galingus auksinius šarvus, ir Takanuva. Jiems padeda Grešas. Jie kovoja su Skakdi karo vadu, Nektanu, kad nugalėtų Makutą, ir jo armija; būriais Rahkšų, ginkluotų karščio regėjimu, ir Skralais.
Istorija tęsiasi, kai Matoranų visatos ir Glatorijos pajėgos susiduria su artėjančiu Skakdi, Rahkshi ir Skrall puolimu. Auksinius šarvus, išbarstytus Makutos sprogimo, iš daugybės priešų surenka Tahu, Grešas ir Takanuva. Tahu nugali Skakdi karvedį Nektaną, tada užsideda šarvus, kurie sudegina kiekvieną Rahkši kraują Bara Magnoje.
Teridaksas teigia, kad gravitacine energija sunaikins Barą Magną, kol Mata Nui iškelia ranką į viršų ir priverčia Teridaksą pasiųsti energijos bangą į viršuje esančius mėnulius. Mata Nui nustumia Teridaksą atgal į vieną iš artėjančių mėnulių, žaliąjį Bota Magnos mėnulį, kurio smūgis sunaikina jo pagrindinį procesorių ir Teridaksas žūsta. Tada Mata Nui mintyse gedi brolio, kurį galėjo turėti.
Finale Mata Nui panaudoja savo jėgas ir Gyvybės kaukės galią, kad vėl suvienytų Spherus Magna, išgydytų tuos, kurie mutavo nuo Pit Mutageno, sugrąžintų gyvybę į planetą ir atkurtų sunaikintus geografinius objektus. Dėl įtampos jo galios šerdis išsisklaido ir sunaikina roboto prototipą. Kai Glatorianas ir Toa aptinka Igniką nesugadintą toje vietoje, kur buvo Mata Nui, Mata Nui prabyla į juos iš Gyvybės kaukės. Jis sako jiems, kad ateitis priklauso jiems patiems ir jie ją turi kurti. Tuomet jis lieka miegoti Ignikos viduje. Agoriai, Matoranai, Toa, Glatorianai ir visi kiti pradeda naują gyvenimą Sferus Magna.
"Bionicle" ateitis
"Bionicle" žaislų linija baigėsi 2009 m. pabaigoje, kai buvo baigti leisti 2010 m. rinkiniai, ir 2010 m. vasarą ją pakeitė "Hero Factory" - "Lego" tema, suderinama su "Bionicle" rinkiniais. Tačiau nepaisant to, istorija tęsiama Grego Faršėjaus (Greg Farshtey) rašomuose serialuose internete adresu BIONICLEstory.com.
