Kanzaso universiteto istorija prasideda 1855 m., kai vietos gyventojai ir politikai pradėjo planuoti aukštesnio mokslo įstaigą naujai formuojamoje teritorijoje. Tuomet formavosi idėjos įkurti "Kanzaso teritorijos universitetą", kurios tikslas buvo suteikti regionui nuolatinę aukštojo mokslo bazę ir paruošti mokytojus bei vietos vadovus.

Po devynerių metų, 1864 m., padedant Amosui Adamsui Lawrence'ui, Kanzaso gubernatoriui Charlesui L. Robinsonui ir keliems kitiems svarbiems asmenims, Kanzaso įstatymų leidžiamoji valdžia įsteigė Kanzaso universitetą Lawrence'e, Kanzase. Universitetui skirtą žemės sklypą — 40 akrų (apie 160 000 m2) — bei pradines lėšas paskyrė Čarlzas Robinsonas ir jo žmona Sara; jų dovana (15 000 JAV dolerių ir žemė) buvo lemiamas žingsnis universiteto įkūrimui. Amos A. Lawrence savo ruožtu padėjo pritraukti finansavimą ir politinę paramą, o pats miestas Lawrence buvo natūralus pasirinkimas – jis buvo svarbus „laisvosios valstybės“ (angl. Free State) judėjimo centras tuo laikotarpiu.

Dėl to, kad prieigos prie aukštesniojo vidurinio mokslo (secondary education) naujame regione dažnai trūko, universitetas pradėjo nuo parengiamojo – akademinio – lygio kursų. 1866 m. universitete prasidėjo parengiamojo lygio pamokos, skirtos paruošti studentus kolegijos studijoms. Po kelių metų parengiamųjų programų plėtros 1869 m. pradėtos ir kolegijos lygio paskaitos bei programos, kurios leisdavo įgyti aukštojo mokslo diplomus.

Ankstyvieji sprendimai dėl vietos, finansavimo ir programos profilio nulėmė universiteto vystymąsi: įkūrimo metai ir pradinių klasių rengimas suteikė institucijai stabilų pagrindą augti, plėsti studijų kryptis ir vėliau tapti viena pagrindinių valstijos aukštųjų mokyklų. Nors pirmieji metai buvo sudėtingi – teritorija atsigavo po karo ir sprendimus tekdavo priimti fronte tarp politinių grupių – 1864–1869 m. laikotarpis tapo esmine KU (Kanzaso universiteto) istorijos pradžia ir pagrindu tolimesnei plėtrai.