Pulkininko laipsnis
Kongrese Sicklesas buvo prisijungęs prie Pietų demokratų ir pats buvo už vergiją pasisakantis demokratas. Tačiau prasidėjus karui Sicklesas staiga tapo Sąjungai palankiu šalininku. Paskutinė jo sesija Kongrese baigėsi kovo mėnesį, todėl prasidėjus karui Siklas buvo grįžęs į Niujorką ir vertėsi advokato praktika. Vėlesnėse versijose apie savo stojimo į Sąjungos armiją motyvus jis teigė manąs, kad geriausiai galėtų pasitarnauti Sąjungai surinkdamas pulką. Prezidentui respublikonui Linkolnui reikėjo demokratų paramos, ir jis matyt matė, kad Sicklesas galėtų juo pasinaudoti. Sukūręs pulką, vėliau brigadą, kurią pavadino "Excelsior" brigada, Sicklesas manė, kad jam bus suteiktas brigados generolo laipsnis (pulkininkas vadovavo pulkui, o brigados generolas - brigadai). Tačiau oficialiai jis liko pirmojo pulko pulkininku, nors vadovavo visai brigadai. Niujorko gubernatorius Edvinas D. Morganas nusprendė, kad Niujorke yra per daug pulkų, ir įsakė Sikliui išformuoti kai kuriuos pulkus. Dėl to Siklas negavo brigados generolo laipsnio. Aplenkęs gubernatorių, Siklas nuvyko į Vašingtoną susitikti su Linkolnu. Prezidentas sutiko išformuotus pulkus įtraukti į Jungtinių Valstijų savanorių gretas. Galiausiai 1861 m. liepos 20 d. jie gavo įsakymą atvykti į Harpers Ferry, Vakarų Virdžinijoje. Rugsėjo mėnesį Siklas buvo paskirtas savanorių brigados generolu, tačiau Jungtinių Valstijų Senatas kelis mėnesius delsė jį patvirtinti. Didžiąją 1861 m. dalį Siklo brigada praleido žemutiniame Merilande. Tuo metu Siklas dažnai lankėsi pas Linkolnus Vašingtone. 1862 m. kovo mėn. jo komanda buvo priskirta generolui Džozefui Hukeriui (Joseph Hooker) Potomako armijoje. Tą patį mėnesį Senatas atmetė Siklso brigados generolo laipsnį. Tą mėnesį "Excelsiors" pirmą kartą dalyvavo mūšyje. Sicklesas asmeniškai vadovavo žvalgybai. Balandžio 6 d. jis išvyko iš "Excelsiors" į Vašingtoną, protestuodamas prieš tai, kad jam nebuvo suteiktas brigados generolo laipsnis. Kol jo dalinys kovėsi Pusiasalio kampanijoje, Sicklesas liko Vašingtone. Linkolnas vėl pasiūlė jį generolu ir 1862 m. gegužės 3 d. Senatas jį patvirtino.
Brigados generolas
Gegužės 24 d. "brigados generolui" Sicklesui buvo įsakyta pranešti Hookeriui. Jam buvo pavesta vadovauti Hookerio 2-ajai brigadai. Pirmąjį didelį mūšį Sicklesas patyrė Septynių pušų mūšyje. Kitą kartą Sicklesas dalyvavo Septynių dienų mūšiuose. Hukerio žygis nebuvo sėkmingas iš dalies dėl to, kad Siklso brigada sunkiai judėjo per pelkes ir susidūrė su dideliu konfederatų pasipriešinimu. Kai dalis jo vyrų palūžo ir pasitraukė į užnugarį, Sicklesui pavyko priversti grįžti tik kelis. Nepaisant to, Hukerio ataskaitoje pažymėtas Siklo narsumas bandant sutelkti savo vyrus. Jis ilgai neužsibuvo ir praleido Antrąjį Bull Run mūšį bei Antietamo mūšį, nes buvo Niujorke ir rinko vyrus savo brigadai. Kai Ambrose'as Burnside'as pakeitė George'ą B. McClellaną Potiomako armijos vado poste, tiek Hookeris, tiek Sicklesas buvo perkelti vadovauti didesniems daliniams. Sicklesas vis dar neturėjo beveik jokios mūšio patirties, tačiau dabar vadovavo buvusiai Hookerio III korpuso antrajai divizijai. Sicklesas buvo užsiėmęs tuo, kad Niujorko laikraščiai ir Vašingtono informatoriai skatino jo, kaip užgrūdinto kovotojo generolo, įvaizdį.
1862 m. gruodį vykusiame Frederiksburgo mūšyje Sickleso brigada dalyvavo tik trečią dieną. Jis ir jo kariai stebėjo, kaip Sąjungos kariai kovėsi kalnuose su Lee konfederatais. Po 14.00 val. pagaliau Siklsui buvo įsakyta vykti į frontą. Vadovaudami savo vyrams jie pamatė, kad jų ruože mūšis daugiausia baigėsi. Jie saugojo savo pozicijas nuo ribotos snaiperių ugnies ir kelių kautynių, bet kitaip mūšio nematė.
Generolas majoras
Kai Burnsaidas buvo pakeistas Potomako armijos vadu, į jo vietą buvo perkeltas Hukeris. Po šio pasikeitimo Sicklesui, nors jis turėjo mažai mūšio patirties, buvo pavesta laikinai vadovauti III korpusui. Tačiau Senatas ir vėl nepatvirtino jo paaukštinimo į generolo majoro laipsnį. Galiausiai kovo 9 d. (jo rangas buvo suteiktas lapkričio 29 d.) Senatas patvirtino jo paaukštinimą. Kovo pabaigoje Sicklesas oficialiai tapo generolu majoru. Kitaip nei ankstesniuose mūšiuose, Čankelorsvilio mūšyje Siklas dalyvavo veiksme. Stebėdamas konfederatų generolo Stounvalio Džeksono (Stonewall Jackson) flango manevrą, Siklesas be įsakymų su dviem trečdaliais savo korpuso pajudėjo į priekį, kad persekiotų konfederatus. Dėl to jo dešinėje esantis XI korpusas liko visiškai izoliuotas. Tuomet Džeksono konfederatai surengė triuškinamą XI korpuso puolimą. Sickleso pasitraukimas iš jam skirtos pozicijos buvo pagrindinis veiksnys, lėmęs konfederatų pergalę. Dėl to prasidėjo Hookerio ir Sickleso nesantaika, kuri tęsėsi iki pat Getisburgo mūšio. Hukeris kaltino Siklį dėl pralaimėjimo prie Čankelorsvilio.
Getisburgas
Birželio 27 d. Hukeris atsistatydino iš Potomako armijos vado pareigų. Iš korpuso vadų, pasiūlytų jį pakeisti, laikraštis "New York Herald" kaip geriausią vadą pasiūlė Sicklesą. Birželio 28 d., likus trims dienoms iki Getisburgo mūšio, Linkolnas paskyrė generolą Džordžą G. Midą pakeisti Hukerį. Liepos 1 d. pirmoji diena baigėsi Konfederacijos pergale. Midas stengėsi greitai paruošti savo pajėgas kitos dienos mūšiui. Ankstyvą liepos 2 d. rytą Meadas nusiuntė žinutę Sikliui su nurodymu išdėstyti jo 12 000 karių korpusą ant Kapinių keteros. Jam buvo konkrečiai įsakyta prisijungti prie generolo Vinfildo Skoto Henkoko (Winfield Scott Hancock) II korpuso dešinėje ir pratęsti savo liniją iki Little Round Top kairėje.
Sicklesui nepadarė įspūdžio nei naujasis vadas, nei jo įsakymai. Apie 11.00 val. jis nuvyko į Meade'o štabą ir laukė susitikimo su Meade'u. Tačiau vadas tuo metu buvo užsiėmęs. Pasijutęs ignoruojamas Siklas grįžo prie savo karių. Jis nusprendė, kad jam nepatinka jo įsakymai. Už mylios į priekį nuo jo buvo Emmitsburgo kelias, kuris buvo aukštesnėje vietoje, nei jam buvo paskirta užimti. Jam taip pat nepatiko, kad tarp jo linijos buvo akmenų ir medžių. Sicklesas be įsakymų ir neinformavęs kitų korpusų vadų perkėlė savo korpusą į priekį apie vieną mylią. Dėl to kairysis Henkoko flangas liko visiškai atviras, o toje vietoje, kur turėjo būti jo korpusas, linijoje liko didelė pertrauka. Jo pasirinkta naujoji pozicija buvo platesnė už paliktąją, o jis neturėjo pakankamai vyrų, kad ją visiškai uždengtų. Jo linijos viduryje susidarė salientas (stačiu kampu išsidėsčiusi linija, kurią buvo galima pulti iš dviejų pusių). Brigados generolas Henry Huntas, artilerijos vadas, kartu su Sicklesu apžiūrėjo naująją poziciją ir nurodė problemas. Jis pasakė, kad turi pasitarti su Midu ir išsiaiškinti, ar galima pakeisti Siklsui duotus įsakymus. Siklas vis tiek žengė į priekį. Per valandą visas jo III korpusas buvo beveik sunaikintas konfederatų generolo Džeimso Longstrito korpuso. Pats Siklas buvo sužeistas patrankos sviedinio kulkos, kuri sutraiškė jam koją. Jis buvo išneštas iš lauko, o po kelių valandų jam buvo amputuota dešinioji koja. Sužeidimas galbūt ir išgelbėjo jį nuo karo lauko teismo už įsakymų nevykdymą, tačiau jo, kaip lauko vado, dienos baigėsi.
