Valdymo pradžia
Viljamas pasirinko karūnavimą per Kalėdas. Iš dalies dėl to, kad manė, jog anglai per šią didžiąją šventę bus mažiau linkę kelti riaušes. Taip pat tai buvo geras pasirinkimas, nes jis tikėjo, kad tai buvo Dievo valia, kad jis bus karalius. Tapęs karaliumi, Vilhelmas kelis mėnesius praleido Anglijoje. Paskui jis grįžo į Normandiją, palikdamas Angliją dviejų pajėgių vyrų rankose. Tai buvo jo pusbrolis Odo, Bayeux vyskupas, ir Viljamas FitzOsbernas. Odo tapo Kento grafu, o FitzOsbernas - Herefordo grafu. Likę trys Anglijos grafai liko savo vietose. Kai Vilhelmas išplaukė atgal į Normandiją, kartu su juo buvo daug jo pasekėjų. Daug jo karių, kuriems buvo sumokėta, ir kiti, kuriuos jis norėjo sekti. Ypač tai buvo anglų arkivyskupas Stigandas ir Edgaras Atelingas. Jis taip pat pasiėmė su savimi likusius tris anglų grafus: Edviną, Morkarą ir Volteofą. Taip jis siekė, kad nė vienas iš jų negalėtų pradėti sukilimo, kol jo nebus. Vilhelmas turėjo rūpintis savo pareigomis namuose. Be to, daugelis jo karių turėjo grįžti, kad užtikrintų hercogystės saugumą.
1067 m. gruodį grįžęs į Londoną, Vilhelmas ėmė aiškintis, kokių problemų kilo, kol jo nebuvo. Hertfordšyrą užpuolė mersai. Ekseteris nepriėmė naujojo karaliaus valdymo. Viljamas surinko pinigų iš visų Anglijos dalių, kurios galėjo mokėti. Jis taip pat sušaukė anglų rinkliavas. Ekseteris pasidavė po to, kai vienas iš įkaitų buvo apakintas. Jam pavergus Devoną ir Kornvalį, viskas atrodė ramu. Į Vinčesterį Vilhelmas pasiuntė savo žmoną Matildą, kuri ten per Sekmines buvo karūnuota Anglijos karaliene.
Iki vasaros kilo daugiau sukilimų. Tuo pat metu kiti bėgo iš Anglijos. Edgaras Atelingas su motina ir seserimis išvyko į Škotiją, kur buvo laukiami. Šiaurėje aplink Jorką telkėsi stiprios prieš normanus nusiteikusios grupės. Grafas Edvinas ir jo brolis Morkaras paliko Viljamo dvarą ir prisijungė prie sukilėlių šiaurėje. Tada Vilhelmas pastatė Vorviko pilį. Tai privertė grafus ir kitus pasiduoti Viljamui. Vėliau sekė kitos pilys. Tada Vilhelmas įžengė į Jorką, kur kiti atvyko pas jį ir pasidavė. Tada jis derėjosi su Škotijos karaliumi, kad užkirstų kelią bet kokiems įsiveržimams į Angliją iš šiaurės. Tačiau jo kampanija šiaurėje nebuvo tokia veiksminga, kaip jis manė. 1069 m. antrasis sukilimas peraugo į karą. Viljamo palikti vadovauti vyrai buvo nužudyti. Nedidelės normanų pajėgos laikėsi Jorke, kai Vilhelmas atvyko jiems į pagalbą. Pastatęs dar vieną pilį, Viljamas paliko vadovauti grafui Viljamui FitzOsbernui. Kitus penkis mėnesius šiaurėje buvo ramu. Tačiau šiaurinės Anglijos lyderiai pasiuntė žinią Danijos karaliui Svinui, siūlydami jam karūną, jei šis nugalės normanus. Sweinas pasiuntė Danijos laivyną į Angliją.
1069 m. vasarą Danijos laivynas pasirodė prie Kento krantų. Jis judėjo pakrante į šiaurę ir visur rengė reidus. Vilhelmas ir jo kariuomenė buvo pietuose ir saugojo nuo bet kokių įsiveržimų. Galiausiai laivynas prisijungė prie anglų sukilėlių prie Humberio upės krantų. Visi likę anglų grafai paliko Viljamą ir prisijungė prie jungtinių anglų ir danų pajėgų. Jos pajudėjo prieš normanų įgulą Jorke ir išžudė visus, išskyrus kelias moteris ir vaikus. Viljamas Maletas, normanas, gyvenęs Anglijoje iki 1066 m., taip pat buvo išgelbėtas.
Šiaurinis Harisas
Vilhelmo šiaurinė armija buvo sunaikinta, o Jorko miestas virto griuvėsiais. Tuo pat metu Velse ir pietvakarių Anglijoje kilo mažesni sukilimai. Viljamas žinojo, kad pateko į bėdą. Jis pradėjo šaukti visus savo vadus ir karius, kad sujungtų pajėgas. Karalius žinojo, kad turėdamas mažesnę kariuomenę jis turi vienu metu susidoroti su viena sukilėlių grupe. Jis pasiuntė Viljamą FitzOsberną ir Brianą iš Bretanės susidoroti su Ekseteriu. Pats Viljamas kovojo su iš rytų judančia armija. Abiem atvejais normanų kariuomenės nugalėjo. Dabar jis puolė šiaurės kariuomenę, kuri buvo sunaikinusi Jorką. Tačiau jam nepavyko patekti toliau į šiaurę nei iki Pontefrakto. Po kelių savaičių bandymų Vilhelmas papirko Danijos laivyną, kad šis žiemai pasitrauktų iš Jorko. Jie sutiko ir grįžo į Humberio žiotis žiemoti. Dabar Vilhelmas galėjo persikelti į Jorką. Jis atstatė ten esančias pilis. Tuomet jis liepė savo pajėgoms išsiskirstyti ir sunaikinti viską, kas buvo naudinga anglų ir danų kariuomenei maitintis. Dėl to kilo visuotinis badas, ir vietovės gyventojai arba išvyko, arba mirė iš bado. Tai buvo liūdnai pagarsėjęs Vilhelmo šiaurinės dalies varginimas. Viso to rezultatas buvo jo anglų grafų ir daugumos Anglijos sukilėlių pasidavimas. Kelias likusias grupes greitai sutriuškino Viljamo kariuomenė. Tačiau viena grupė pasirodė esanti atkaklesnė. Ji buvo prie Česterio ir po priverstinio žygio per žiemą Viljamas juos nustebino dar nepasiruošusius. Jiems pasidavus, jis ten pastatė dar dvi pilis, paskui grįžo į Vinčesterį.
Valdė Angliją ir Normandiją
Vilhelmui daugiau niekada nebereikėjo nusiaubti grafystės taip, kaip jis nusiaubė Jorkšyrą. Jis susidorojo su pagrindinėmis grėsmėmis savo valdymui, tačiau kai kurias pavyko išspręsti tik iš dalies. 1070 m. danų laivynas sugrįžo, šį kartą vadovaujamas karaliaus Sveno. Jie prisijungė prie nedidelės sukilėlių grupės Eliziejaus saloje, kuriai vadovavo Herevardas Budrusis. Vilhelmas vėl papirko danus, kad šie pasitrauktų, o tada susidorojo su sukilėliais. Apie Herevardą daugiau niekas negirdėjo.
Dabar Vilhelmas turėjo valdyti ir Angliją, ir Normandiją. Jis suprato, kad turi būti šalia, kad galėtų viską kontroliuoti. Jam būnant Normandijoje Anglijoje dažnai kildavo nesklandumų. Tačiau kai jis buvo Anglijoje, Normandiją valdė jo žmona Matilda. Tačiau naujasis Anžu grafas Fulkas Rečinas atėmė iš Vilhelmo kontrolės Meiną. 1073 m. Vilhelmas turėjo ją susigrąžinti.
1082 m. Vilhelmas suėmė savo pusbrolį Odą, Bayeux vyskupą ir Kento grafą. Priežastys neaiškios, bet Odo bandė surinkti kariuomenę žygiui į Romą. Jo planas buvo tapti kitu popiežiumi. Vilhelmas jį teisė Vaito saloje. Be kitų nusikaltimų buvo ir tas, kad bandė surinkti armiją tarp Viljamo karių. Kaip nurodė Vilhelmas, jie buvo reikalingi Anglijai ginti. Odo paprieštaravo, kad net karalius negali jo teisti. Kaip vyskupą galėjo teisti tik popiežius. Vilhelmas atsakė, kad jis nesuėmė vyskupo, jis suėmė savo grafą, kurį paliko vadovauti jam nesant. Odo buvo įkalintas Normandijoje visam likusiam gyvenimui.
1083 m. mirė karalienė Matilda ir buvo palaidota Kene. Jiedu buvo labai artimi ir nesutarė tik dėl savo sūnaus Roberto Kurtozės. Robertas ne kartą maištavo prieš tėvą, tačiau vis tiek palaikė ryšius su motina. Dėl to tarp jų kilo nesutarimų. Prancūzijos Pilypas I manė, kad jo vasalui sunku tapti tokiu pat karaliumi kaip jis pats, todėl piktinosi Viljamu. Nebuvo pakankamai stiprus, kad pats kovotų su Vilhelmu, kai Robertas Kurtozė sukilo prieš tėvą, karalius Pilypas jam padėjo.
1085 m. vasarą Vilhelmas sužinojo, kad Danijos karalius Kanutas IV ruošia laivyną plaukti prieš Angliją. Rudenį Vilhelmas grįžo į Angliją su daugybe karių. Jis turėjo jiems mokėti ir juos maitinti, o tai kainavo daug išlaidų. Galbūt tuo metu jis suprato, kad neturi jokių dokumentų apie tai, kas jam, kaip karaliui, priklauso. Jis nežinojo, ar surenka visus priklausančius mokesčius.
Domesday Book
1085 m. per Kalėdų teismą Glosterio mieste Vilhelmas paprašė atlikti didelę apklausą visose Anglijos dalyse. Karalius norėjo sužinoti, kiek žmonių gyvena jo karalystėje. Jis norėjo žinoti, kokio dydžio yra kiekvienas nekilnojamasis turtas, kiek jis vertas ir kiek pajamų duoda. Tokios apklausos Anglijoje dar nebuvo atlikta. Ji buvo unikali savo detalumu ir indėliu į Anglijos istoriją. Domesday Book buvo pirmasis viešasis Anglijos metraštis.
Knygos tekstas telpa į du tomus. Pirmasis apėmė trisdešimt vieną apygardą. Dėl savo apimties jis buvo vadinamas Didžiuoju Domesday. Antrasis tomas apėmė Esekso, Norfolko ir Suffolko grafystes ir buvo pavadintas "Mažuoju Domesday". Faktus užrašinėjo kelios vyskupų ir grafų komisijos. Kiekviena grupė rinko informaciją apie kelias grafystes. 1086 m. rugpjūčio 1 d. Vilhelmui buvo pateiktas didelis rašytinių duomenų rinkinys. Tai tapo "Domesday Book", nors į knygas ji nebus įrišta dar beveik šimtmetį.
Paskutiniai metai
Viljamas mirė būdamas Ruane, Prancūzijoje, nuo sužalojimų, kuriuos patyrė nukritęs nuo jam priklausančio žirgo.