1861 m. balandį prasidėjo Amerikos pilietinis karas. Karsonas paliko indėnų agento darbą ir įstojo į Sąjungos kariuomenę. Jam buvo suteiktas leitenanto laipsnis. Vadovavo 1-ajam Naujosios Meksikos savanorių pėstininkų būriui. Jis mokė naujuosius vyrus. 1861 m. spalį jis buvo paskirtas pulkininku. 1862 m. vasario mėn. savanoriai kovėsi su konfederatų pajėgomis prie Valverdės, Naujosios Meksikos valstijoje. Konfederatai laimėjo šį mūšį, bet vėliau buvo nugalėti.
Kampanija prieš apačius
Kai konfederatai buvo išstumti iš Naujosios Meksikos, Karsono vadas majoras Džeimsas Henris Karletonas atkreipė dėmesį į Amerikos indėnus. Istorikas Edvinas Sabinas (Edwin Sabin) rašo, kad šis karininkas jautė "psichopatinę neapykantą apačams". Karletonas vedė savo pajėgas gilyn į Mescalero apačių teritoriją. Meskaleros buvo pavargę nuo kovų ir pasidavė Karlsono globai. Karletonas apgyvendino šiuos apačius atokioje ir vienišoje rezervato teritorijoje į rytus nuo Pekošo upės.
Karsonas nemėgo apačių. Vienoje ataskaitoje jis rašė, kad džikarilos apačai "iš tiesų yra labiausiai degradavę ir varginantys indėnai, kuriuos turime savo departamente... Kasdien matome juos apsvaigusius mūsų aikštėje". Karsonas pusiau pritarė Karletono planams. Jis buvo pavargęs. Prieš dvejus metus buvo patyręs traumą, kuri jam kėlė daug rūpesčių. 1863 m. vasarį jis pasitraukė iš kariuomenės. Karletonas atsisakė priimti atsistatydinimą, nes norėjo, kad Karsonas vadovautų kampanijai prieš navahus.
Kampanija prieš navahus
Karletonas savo rezervatui pasirinko niūrią vietą prie Pekošo upės. Ši rezervacija vadinosi Bosque Redondo (Apvalioji giraitė). Šią vietą jis parinko apačiams ir navahams, nes ji buvo toli nuo baltųjų gyvenviečių. Jis taip pat norėjo, kad šie apačiai ir navahai veiktų kaip buferis, jei į rytus nuo Bosque Redondo esantys kiviai ir komančai imtųsi agresyvių veiksmų prieš baltųjų gyvenvietes. Jis taip pat manė, kad rezervato nuošalumas ir apleistumas atgrasys baltuosius nuo įsikūrimo.
Meskalero apačai į rezervatą ėjo 130 mylių. Iki 1863 m. kovo mėn. keturi šimtai apačų apsigyveno netoli Fort Sumnerio. Kiti pabėgo į vakarus ir prisijungė prie pabėgusių apačių būrių. Vasaros viduryje daugelis jų sodino javus ir dirbo kitus ūkio darbus.
Liepos 7 d. Karsonas, negailėdamas geros širdies navahų gaudynėms, pradėjo kampaniją prieš gentį. Jo įsakymai buvo beveik tokie patys, kaip ir apačų apsupimo atveju: jis turėjo sušaudyti visus vietoje esančius vyrus, o moteris ir vaikus paimti į nelaisvę. Taikos sutartys neturėjo būti sudaromos, kol visi navahai nebus perkelti į rezervatą.
Karsonas toli ir plačiai ieškojo navahų. Jis rado jų namus, laukus, gyvulius ir sodus, tačiau navahai mokėjo greitai dingti ir pasislėpti savo didžiulėse žemėse. Karsonas labai nusivylė apgyvendinimu. Jis buvo penkiasdešimtmetis, pavargęs ir ligotas. 1863 m. rudenį Karsonas ėmė deginti navahų namus ir laukus bei išvežti iš vietovės jų gyvulius. Jei šis navahų naikinimas tęsis ir toliau, jie mirs iš bado. Pasidavė šimtas aštuoniasdešimt aštuoni navahai. Jie buvo išsiųsti į Bosque Redondo. Gyvenimas Boskėje tapo niūrus. Vyko žmogžudystės. Apačiai ir navahai kariavo. Pecos upės vandenyje buvo mineralinių medžiagų, nuo kurių žmones kamavo mėšlungis ir skrandžio skausmai. Gyventojai turėjo nueiti apie dvylika mylių, kad rastų malkų.
Čellio kanjonas
Carsonas norėjo padaryti žiemos pertrauką nuo kampanijos. Majoras Karletonas atsisakė. Kitui buvo įsakyta įsiveržti į Čellio kanjoną. Būtent čia prieglobstį buvo radę daug navahų. Istorikas Deividas Robertsas rašo: "1863-1864 m. žiemą Karsono žygis per Čellio kanjoną turėjo tapti lemiamu kampanijos veiksmu".
Čellio kanjonas navahams buvo šventa vieta. Jie tikėjo, kad dabar tai bus stipriausia jų šventovė. Trys šimtai navahų prisiglaudė ant kanjono krašto vietoje, vadinamoje tvirtovės uola. Jie priešinosi Karsono invazijai statydami virvines kopėčias, tiltus, nuleisdami vandens puodus į upelį ir laikydamiesi atokiau nuo akių. Šie trys šimtai navahų išgyveno invaziją. 1864 m. sausį Karsonas su savo pajėgomis prasiveržė per 35 mylių kanjoną. Jis iškirto tūkstančius kanjono persikų medžių. Nedaug navahų žuvo ar pateko į nelaisvę. Tačiau Karsono įsiveržimas navahams įrodė, kad baltasis žmogus bet kada gali įsiveržti į jų šalį. Daugelis navahų pasidavė Kembio forte.
Iki 1864 m. kovo mėn. Kanbio forte buvo 3000 pabėgėlių. Į stovyklą atvyko dar 5 000 žmonių. Jie kentėjo nuo didelio šalčio ir bado. Karsonas paprašė atsargų jiems pamaitinti ir aprengti. Tūkstančiai navahų buvo nuvesti į Bosque Redondo. Daug jų pakeliui mirė. Atsilikėliai iš paskos buvo sušaudyti ir nužudyti. Navahų istorijoje šis siaubingas žygis žinomas kaip Ilgasis ėjimas. 1866 m. pranešimai rodė, kad Bosque Redondo visiškai nepavyko. Majoras Karletonas buvo atleistas. Kongresas pradėjo tyrimą. 1868 m. buvo pasirašyta sutartis, ir navahams leista grįžti į savo tėvynę. Bosque Redondo buvo uždaryta.
Pirmasis mūšis prie "Adobe Walls
1864 m. lapkričio 25 d. Karsonas vadovavo savo pajėgoms prieš pietvakarių gentis pirmajame Adobe Walls mūšyje Teksaso Panhandle. Adobe Walls buvo apleistas prekybos punktas, kurį gyventojai susprogdino norėdami užkirsti kelią priešiškai nusiteikusių Amerikos indėnų užgrobimui. Pirmajame mūšyje kovėsi Jungtinių Valstijų kariuomenė ir kivių, komančų bei lygumų apačių būriai. Tai buvo vienas didžiausių mūšių Didžiosiose lygumose. Teksaso valstijos bibliotekų ir archyvų komisija rašo: "Adobe Walls rezultatas buvo triuškinantis dvasinis indėnų pralaimėjimas. Jis taip pat paskatino JAV kariuomenę imtis paskutinių veiksmų, kad indėnai būtų galutinai sutriuškinti. Per metus ilgas karas tarp baltųjų ir indėnų Teksase turėjo baigtis."
Mūšį lėmė generolo Karletono įsitikinimas, kad Amerikos čiabuviai yra atsakingi už nuolatinius išpuolius prieš baltuosius kolonistus Santa Fė kelyje. Jis norėjo nubausti šiuos plėšikus ir žudikus, todėl šiam darbui atlikti pasikvietė Karsoną. Kadangi didžioji kariuomenės dalis per Amerikos pilietinį karą buvo užsiėmusi kitur, apsaugos, kurios siekė kolonistai, beveik nebuvo. Jie maldavo pagalbos. Karsonas vadovavo 260 kavaleristų, 75 pėstininkams ir 72 utų ir džikariljos apačių armijos žvalgams. Be to, jis turėjo dvi kalnų haubicų patrankas.
Lapkričio 25 d. rytą Karsonas aptiko ir užpuolė kivų kaimą, kuriame buvo 176 nameliai. Po sunaikinimo jis persikėlė į Adobe Walls. Karsonas apylinkėse aptiko kitus komančų kaimus ir suprato, kad jam teks susidurti su labai didelėmis Amerikos čiabuvių pajėgomis. Kapitonas Pettis apskaičiavo, kad pradėjo telktis nuo 1 200 iki 1 400 komančų ir kivakų. Jų skaičius galėjo išaugti iki 3 000. Prasidėjo keturias-penkias valandas trukęs mūšis. Kai Karsonui pritrūko šaudmenų ir haubicų sviedinių, jis įsakė savo vyrams trauktis į netoliese esantį Kiowa kaimą. Ten jie sudegino kaimą ir daugybę puikių buivolų apsiaustų. Jo indėnų žvalgai nužudė ir išniekino keturis pagyvenusius ir silpnus kivasus. Tada buvo pradėtas atsitraukimas į Naująją Meksiką. Karsono vyrai žuvo nedaug. Generolas Karletonas rašė Karsonui: "Šis puikus įvykis dar vienu žaliu lapeliu papildė laurų vainiką, kurį taip kilniai pelnėte tarnaudamas savo šaliai". Kai kas šį mūšį laiko geriausiu Karsono momentu ir mano, kad jis buvo vienas iš veiksnių, dėl kurių 1865 m. kiviai ir komančai paprašė taikos.
"Išmeskite keletą sviedinių į ten, į tą minią".
Kit Carson artilerijos karininkui leitenantui Pettisui
Kai kurie mūšį tyrinėję žmonės mano, kad Karsonas teisingai įsakė savo kariams trauktis. Pranešama, kad Karsono kariai paėmė tik vieną komančų skalpą. Pirmasis mūšis prie Adobe Walls buvo paskutinis kartas, kai komančai ir kivos privertė amerikiečių karius trauktis iš mūšio. Adobe Walls reiškė lygumų genčių ir jų gyvenimo būdo pabaigos pradžią.
Po dešimtmečio, 1874 m. birželio 27 d., įvyko antrasis Adobe Walls mūšis, kuriame dalyvavo 250-700 komančų ir 28 medžiotojų grupė, gynusi Adobe Walls. Po keturias dienas trukusios apgulties šimtai Amerikos indėnų pasitraukė. Antrasis mūšis tapo 1874-1875 m. Raudonosios upės karo, dėl kurio pietinių lygumų indėnai buvo galutinai perkelti į rezervatus Oklahomoje, priežastimi.